Stella Nyanzi bắt đầu sự nghiệp của mình vào năm 1997 với tư cách là Phó Nghiên cứu Khoa học Xã hội tại Chương trình của Hội đồng Nghiên cứu Y khoa (Anh) ở Uganda, nơi cô làm việc cho đến tháng 9 năm 2002.[1]

Sau đó, cô nhận được một vị trí làm việc mới là Nhà nhân chủng học địa phương tại Phòng thí nghiệm của Hội đồng nghiên cứu y tế, Gambia, nơi cô làm việc trong một năm. Cô rời vị trí đó để theo đuổi bằng tiến sĩ tại London.[1]

Năm 2009, Stella Nyanzi bắt đầu tại Đại học Makerere với tư cách là Nhà nghiên cứu của Dự án Nghiên cứu về Luật, Giới tính & Giới tính, với tư cách là thành viên của Khoa Luật, nơi cô làm việc cho đến tháng 12 năm 2013. Sau đó, cô làm Nghiên cứu sinh tại Viện nghiên cứu xã hội Makerere cho đến năm 2016.[1] Trong khi ở đó, cô được yêu cầu giảng bài trong chương trình tiến sĩ mới, được gọi là Dự án PHD Mamdani, nhưng đã từ chối. Văn phòng của cô đã bị đóng cửa và, trong một ví dụ về thực hành văn hóa nữ quyền Tây Phi về điều mà học giả Naminata Diabate đã gọi là " cơ quan khỏa thân ", đã phản đối ông chủ bằng cách khỏa thân.[3][4]

Sau khi bị bắt vào năm 2017, cô đã bị Đại học Makerere ngừng hợp tác. Cô đã kháng cáo quyết định của tòa án kháng cáo của Đại học Makerere, chỉ đạo rằng cô được phục hồi, thăng cấp lên cấp độ của một nghiên cứu viên có hiệu lực ngay lập tức và trả lại tiền lương.[5] Các trường đại học từ chối tuân theo quyết định của tòa án. Vì vậy, cô đã đệ đơn kiện trường đại học yêu cầu phục hồi và trả lại tiền lương.[6][7] Đáp lại, vào tháng 12 năm 2018, trường đại học trên đã sa thải cô cùng với 45 học giả khác, cho rằng hợp đồng của cô đã hết hạn.[8]

Stella Nyanzi cũng đã thực hiện công việc tư vấn cho các tổ chức nghiên cứu xã hội khác nhau bên ngoài Uganda và The Gambia.[1]